案件被退回补充侦查通常是因为在刑事诉讼过程中，检察院在审查起诉阶段发现案件存在以下问题之一，需要侦查机关进一步调查和完善：
事实不清、证据不足：
如果检察院认为现有证据不足以证明犯罪事实，或者证据链不完整，可能会要求侦查机关补充新的证据。
程序性问题：
如果侦查活动存在违法或不完备的情况，如侵犯诉讼参与人权利或主要证据搜集方法违法，检察院可以要求侦查机关对侦查活动的合法性作出说明。
实体性问题：
包括遗漏罪行或同案犯罪嫌疑人、犯罪构成要件欠缺、主要情节未予查实等，这些都需要侦查机关进一步查明。
退回补充侦查是刑事诉讼中的一个正常环节，旨在确保案件的公正性和准确性，避免冤假错案的发生。如果经过补充侦查后，案件仍然存在问题，检察院可能会依法作出不起诉的决定。
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