船舶主要属于 水利局管理。具体来说，国务院水利行政主管部门是全国河道的主管机关，而各省、自治区、直辖市的水利行政主管部门则是该行政区域的河道主管机关。此外，船旗国即船舶的国籍国，对公海上航行的具有该国国籍的船舶具有专属的管辖权。在涉及船舶的诉讼中，由碰撞发生地、碰撞船舶最先到达地、加害船舶被扣留地或者被告住所地人民法院管辖。海事诉讼的地域管辖，则依照《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，包括船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地等。
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