查询案底主要涉及以下部门：
公安机关：
包括户籍所在地派出所、县级以上公安机关的户籍科和治安科。公民可以亲自前往这些部门查询，也可以在网上通过当地公安局官网或“互联网+公安”平台进行查询，或者前往政务服务中心的公安窗口进行查询。
人民法院：
人民法院负责记录和保存已经生效的刑事判决和裁定，因此公民可以前往法院查询相关记录。
人民检察院：
人民检察院同样负责记录和保存相关的犯罪记录，公民可以前往检察院查询。
司法行政机关：
司法行政机关也参与犯罪记录的管理，相关查询申请由司法行政机关受理、审核和处理。
需要注意的是，查询案底需要提供合法身份证明，并且需要遵循相关法律法规的规定。例如，未成年人犯罪记录在特定条件下可以被封存，且一般情况下不对外公开。
综上所述，查询案底的主要部门是公安机关，同时人民法院、人民检察院和司法行政机关也负责相关记录的管理和查询。公民可以根据自身需求选择合适的查询途径，并严格按照法律规定进行申请和查询。
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